Connectivity Map Analysis of a Single-Cell RNA-Sequencing -Derived Transcriptional Signature of mTOR Signaling

نویسندگان

چکیده

In the connectivity map (CMap) approach to drug repositioning and development, transcriptional signature of disease is constructed by differential gene expression analysis between diseased tissue or cells control. The negative correlation drug, a bioactive compound, assumed indicate its ability “reverse” process. A major limitation traditional CMaP use signatures derived from bulk tissues. Since key driver pathways are most likely dysregulated in only subset cells, “averaged” resulting lack resolution effectively identify effective therapeutic agents. single-cell RNA-seq (scRNA-seq) transcriptomic assay facilitates construction that specific individual cell types, but methods for using scRNA-seq data context lacking. Lymphangioleiomyomatosis (LAM) mutations TSC1 TSC2 genes result activation mTOR complex 1 (mTORC1). mTORC1 inhibitor Sirolimus FDA-approved treat LAM. Novel therapies LAM urgently needed as recurs with discontinuation treatment some patients insensitive drug. We developed constructing profiling applied them lung naïve sirolimus-treated patients. New successfully implicated inhibitors, including Sirolimus, capable reverting signatures. mimicking standard bulk-tissue failed detect any connection signaling. This indicates precise our crucial difference success failure treatments analysis.

برای دانلود رایگان متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

A Graph-Based Clustering Approach to Identify Cell Populations in Single-Cell RNA Sequencing Data

Introduction: The emergence of single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) technology has provided new information about the structure of cells, and provided data with very high resolution of the expression of different genes for each cell at a single time. One of the main uses of scRNA-seq is data clustering based on expressed genes, which sometimes leads to the detection of rare cell populations. ...

متن کامل

A Graph-Based Clustering Approach to Identify Cell Populations in Single-Cell RNA Sequencing Data

Introduction: The emergence of single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) technology has provided new information about the structure of cells, and provided data with very high resolution of the expression of different genes for each cell at a single time. One of the main uses of scRNA-seq is data clustering based on expressed genes, which sometimes leads to the detection of rare cell populations. ...

متن کامل

I-13: Transcriptome Dynamics of Human and Mouse Preimplantation Embryos Revealed by Single Cell RNA-Sequencing

Background: Mammalian preimplantation development is a complex process involving dramatic changes in the transcriptional architecture. However, it is still unclear about the crucial transcriptional network and key hub genes that regulate the proceeding of preimplantation embryos. Materials and Methods: Through single-cell RNAsequencing (RNA-seq) of both human and mouse preimplantation embryos, ...

متن کامل

esp needs analysis of iranian ma students: a case study of university of isfahan

نیاز سنجی دانشجویان کارشناسی ارشد ایرانی در رابطه با زبان تخصصی: مطالعه ای در دانشگاه اصفهان هدف از این مطالعه بررسی نیازهای یادگیری زبان خارجی دانشجویان کارشناسی ارشد دانشجویان دانشگاه اصفهان در رشته های زیست شناسی، روانشناسی، تربیت بدنی، حسابداری و فلسفه ی غرب میباشد. در مجموع 80 دانشجودر پنج رشته ی متفاوت از دانشگاه اصفهان در این پژوهش شرکت داشتند.علاوه بر این هشتاد دانشجو،25 استاد دروس ت...

15 صفحه اول

a swot analysis of the english program of a bilingual school in iran

با توجه به جایگاه زبان انگلیسی به عنوان زبانی بین المللی و با در نظر گرفتن این واقعیت که دولت ها و مسئولان آموزش و پرورش در سراسر جهان در حال حاضر احساس نیاز به ایجاد موقعیتی برای کودکان جهت یاد گیری زبان انگلیسی درسنین پایین در مدارس دو زبانه می کنند، تحقیق حاضر با استفاده از مدل swot (قوت ها، ضعف ها، فرصتها و تهدیدها) سعی در ارزیابی مدرسه ای دو زبانه در ایران را دارد. جهت انجام این تحقیق در م...

15 صفحه اول

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ژورنال

عنوان ژورنال: International Journal of Molecular Sciences

سال: 2021

ISSN: ['1661-6596', '1422-0067']

DOI: https://doi.org/10.3390/ijms22094371